Le free-cooling diurne ou la ventilation nocturne ne nécessitent pas pour les logements ou les petits bâtiments tertiaires (bureaux, commerces) d'immenses atriums ou cheminées, comme dans les grands immeubles de bureaux. L'installation d'un système de free-cooling ne s'accompagne donc pas d'un coût très élevé, sauf éventuellement pour l'automatisation de certaines ouvertures si le bâtiment est inoccupé la nuit. Ce coût varie en fonction du type d'automatisation, des angles d'ouverture, du poids des fenêtres, etc. Il convient de compter entre 300 et 1000 € par fenêtre. L'automatisation n'est cependant pas nécessaire dans les habitations, où une bonne gestion manuelle est tout aussi efficace. En règle générale, le coût de la ventilation nocturne dépend dans une large mesure du type de mise en œuvre. Dans le cas des grands systèmes de ventilation nocturne, les coûts augmentent généralement plus rapidement pour pouvoir garantir des débits importants.
La conception architecturale d'un bâtiment permettant un free-cooling naturel peut aussi entraîner un surcoût par la nécessité de concevoir un bâtiment avec un plan libre étroit qui diminue le ratio entre surface nette et surface brute. Lorsque la stratégie nécessite de mettre en place des éléments spécifiques tels que des conduits de ventilation séparés, des cheminées, des capteurs de vent, ... l'impact sur le coût sera alors considérable.
