Bij een wijzigingsvergunning moet een EPB-voorstel worden gevoegd dat het volledige project en alle werkzaamheden (de oorspronkelijke werkzaamheden die worden behouden en de aangebrachte wijzigingen) herbekijkt. Op basis daarvan is de EPB-aard van de werken onveranderd of moet die worden gewijzigd (een Nieuwe eenheid blijft een Nieuwe eenheid, een Gerenoveerde eenheid zou Eenvoudig of Zwaar Gerenoveerd kunnen worden of met Nieuw Gelijkgesteld). De toe te passen reglementering is degene die van kracht is op het moment van de indiening van de oorspronkelijke vergunning voor de in de oorspronkelijke vergunning en in de wijzigingsvergunning beoogde werken (tenzij de EPB-aanvrager de wetgeving wenst na te leven die van kracht is op het moment van de indiening van de wijzigingsvergunning voor de in de oorspronkelijke vergunning en in de wijzigingsvergunning beoogde werken).
