Au-delà de son intérêt hydraulique, la noue peut également être favorable au développement d'une biodiversité particulière. Pour ce faire, il convient de respecter quelques règles afin que la noue ne devienne pas qu'un simple aménagement vert sans grand intérêt écologique.
Bien que le meilleur moyen pour favoriser le développement d'une biodiversité locale est de laisser s'implanter la végétation de manière spontanée, il n'est pas toujours envisageable d'adopter cette méthode. Dans ce cas, on privilégiera la plantation d'espèces indigènes et le choix des espèces adaptées aux conditions (tout en laissant, si possible, certaines parties vierges pour permettre malgré tout une colonisation spontanée).
Voici une liste non exhaustive de quelques espèces adaptées aux conditions des noues :
Strate herbacée et végétation de prairie résistant à l'eau: Chiendent dactyle (Cynodon dactylon), Pâturin des prés (Poa pratensis), Fétuque roseau (Festuca arundinacea), Fléole des prés (Phleum pratense), Baldingère faux-roseau (Phalaris arundinacea), luzerne (Medicago sativa), Trèfle blanc (Trifolium repens), Tabouret bleu (Noccaea caerulescens)
Plantes de berges : Angélique (Angelica sylvestris), Populage des marais (Caltha palustris), Reine des prés (Filipendula ulmaria), Menthe aquatique (Mentha aquatica), Roseau (Phragmites australis), Massette (Typha latifolia), Iris (Iris pseudacorus), Jonc (Juncus effusus)
Arbres ou arbustes : Saule (Salix alba), Peuplier (Populus tremula), Aulne glutineux (Alnus glutinosa), le Cornouiller sanguin (Cornus sanguinea), Viorne obier (Viburnum opulus), Bouleau (Betula pendula)
Etant donné qu'une noue ne peut pas recevoir le stationnement de véhicules. Il est utile de la planter totalement ou partiellement lorsqu'elle borde une voirie de desserte ou de prévoir d'autres dispositifs qui empêcheront le stationnement (ex : rochers suffisamment espacés pour laisser passer l'eau mais pas les voitures).
Par ailleurs, les plantations permettront une meilleure infiltration / épuration de l'eau grâce à leurs racines qui aèrent la terre. Elles joueront aussi un rôle dans la régulation de l'eau par l'évapotranspiration. Dans le cas où le temps de séjour de l'eau dans la noue est important, il sera préférable de planter des espèces adaptées aux milieux humides.
L'action dépolluante des plantes s'opère à travers plusieurs mécanismes. Les polluants peuvent être absorbés par la plante et stockés dans ses tissus (phytoextraction) ou adsorbés - filtrés et fixés - sur les racines (rhizofiltration). Indirectement, la végétation stimule l'activité microbienne du sol, qui dégrade les polluants organiques (biodégradation). Certaines espèces de plantes sont plus efficaces dans certains mécanismes et tous les polluants ne sont pas épurés grâce aux même mécanismes.
Ainsi, en plus d'augmenter la biodiversité, planter une noue avec plusieurs espèces en augmentera son efficacité épurative. Selon les études disponibles, l'épuration a lieu dans les premiers centimètres supérieurs du sol, laissant donc ensuite infiltrer ou drainer de l'eau propre.
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